Di Aplikasi Dapodik, hapus pembukuan hanya terdapat pada tabel bangunan. Jika terdapat penghapusan ruang atau sarana, maka ruang dan sarana tersebut perlu dipetakan terlebih dahulu pada bangunan yang akan dihapus pembukuan.
Ada beberapa alasan yang harus diperhatikan untuk dapat menghapus sarana dan prasarana, diantaranya:
Bencana: tercuri, terbakar, musnah sebagai akibat bencana alam.
Dibongkar: dengan alasan dalam keadaan sudah tua atau rusak berat sehingga tidak dapat diperbaiki atau dipergunakan lagi. Adapun jika dilakukan perbaikan akan menelan biaya yang besar sehingga merupakan pemborosan.
Dipindahtangankan: pemindahtanganan atas kepemilikan sarana dan prasarana.
Disita: penyitaan karena putusan pengadilan yang telah berkekuatan hukum tetap dan sudah tidak ada upaya hukum lainnya.
Koreksi Data: perbaikan karena salah penginputan di Aplikasi Dapodik.